Щоб утиліта Winbox автоматично знаходила в мережі маршрутизатори MikroTik, в обладнанні використовується спеціальний протокол MNDP (Neighbor Discovery Protocol), який полегшує конфігурування і керування мережею. З його допомогою роутери MikroTik отримують інформацію один про одного і можуть виконати автоматичне налаштування деяких функцій. Однак протокол MNDP передає інформацію про версії операційної системи і функції, які включені в роутері. В цілях безпеки, можна відключити цей протокол.